主将与副将的搭配直接影响部队的战斗力。主将的天赋效果会生效，而副将的天赋不生效，但两者的技能可以相互辅助。选择主将时优先考虑兵力加成高的统帅，其次是天赋及技能加成效果。副将需要主将达到20级且星级达到3星以上才能解锁，解锁后可在部队编辑界面通过点击+图标设置副将。
兵种加成是主副将搭配的核心因素之一。主副将可以携带不同兵种，实战中应选择对当前兵种加成最高的统帅担任主将。例如弓兵队伍中，若李成桂的弓兵加成达到100%，则应优先将其设为主将。同时需注意副将的兵种加成虽不直接生效，但可通过技能互补提升整体输出。技能联动是另一关键点，例如黑太子的技能可增强李成桂的弓兵伤害，这种组合能最大化部队的作战效率。
天赋系统对主将的选择有决定性影响。由于副将天赋不生效，主将的天赋树配置尤为重要。通常主将需优先点满与兵种相关的天赋，例如步兵统帅应点满步兵系天赋，再搭配技能系或防御系天赋。副将则侧重选择技能效果强但天赋一般的武将，例如采集型武将可作为副将提供资源增益，而不影响主将的战斗天赋发挥。主副将的星级和等级也需同步提升，副将等级需通过主将获取经验值来升级，可通过战斗或喂食经验道具实现。
实战中需根据战斗场景动态调整主副将关系。攻城时推荐步兵肉盾阵容，如查理主将搭配文德副将，利用高血量承担伤害；野战时可选择高爆发组合，如海尔曼与李成桂的弓兵输出阵容。主副将的固定关系并非一成不变，需结合敌方兵种、地形等因素灵活更换。后期稀有度高的橙将更适合作为主将，而紫将或蓝将可作为过渡期副将。
通过合理配置，可显著提升部队的实战能力，在PVE与PVP中取得优势。
